עלילת הספר "לגעת בפרויד בשתי מערכות" מתחילה כשסידי בורח לכרתים כדי לשכוח את אהובתו שנפרדה ממנו. מצוקתו הנפשית מביאה אותו להתעמק בתיאוריה הפסיכואנליטית של פרויד, ולהתמודד עם הכאב ועם חרדת הנטישה דרך אנליזה עצמית והדדית, המתרחשת במהלך שבוע ימים בחודש ספטמבר בשנת 1909, כשהוזמן פרויד להיות מרצה אורח באוניברסיטת "קלארק" באמריקה, וכן במהלך חופשה בכרתים בימינו. בהשראתו של פרויד מפליג הסופר למסע בדיוני בים התודעה, שבין גליו צפות ועולות חוויות יצריות של מיניות, של תוקפנות, של רגשי אהבה ושל פחד. הסופר מתחבט בדילמה – "למה לי פסיכולוגיה עכשיו?" איזו תועלת ממשית משיג סידי בקילוף קדחתני של "עיקרון העונג" וה"אי-עונג" הלא מודעים בחייו?

ביצירתו, הכותב נע על ציר הזמן בין דמיון למציאות, בין לשקוע ובין לשכוח, במתח ובתנועה בו-זמניים, נתון בתחושה "אל ביתית" פרוידיאנית, ומשתוקק ליצור לעצמו חיים חדשים. כל רצונו הוא להגשים חלום, לרדת בתחנה המובילה אותו סוף-סוף הביתה.